サブカテゴリを無限に階層化するテストをしてます。
ただし、肝心の階層定義の管理メニューの設計がまだなので、かなーり無理矢理ですが。

1) まず、phpMyAdminなどで、×××nucleus_plug_multiple_categories_subテーブルにフィールドを1つ追加します。
| scatid | parentid | catid | sname | sdesc |
となるように、scatidの後ろに『parentid』というint(11)なフィールドを追加。

2) 普通にMultiple Categoriesの管理メニューで孫(以下)となる予定のサブカテゴリを追加しておく

3) phpMyAdminなどで、parentidの値を入れていく。
入れる値は「どのサブカテゴリにぶら下がるのか」という、親となるサブカテゴリIDです。
標準機能のカテゴリIDの直下にぶら下がる時は「0」です。

【追記】
ここまでの作業はここに置いているプラグインを使えばDBをいじらなくてもできるようになりました。

4)これだけ。
あとは、blog表示を工夫するだけ。 まず、Blog表示はShowBlogsを改良しました。
ダウンロード:NP_ShowBlogs2001.zip
*旧バージョンがインストールされている場合は一度アンインストールしてから再インストールしてください。
サブカテゴリが選択されているときは、そのサブカテゴリ以下にぶら下がっているすべてのサブカテゴリに属する記事を抽出して表示します。
つまり、最下位のサブカテゴリだけを指定すれば上位のカテゴリ選択時も表示されるので親以上のサブカテゴリをマルチカテゴライズする必要がありません。(意味わかります？)


次に、ナビゲーションとしてツリーメニューのプラグインを作りました。
ダウンロード:NP_TreeMenu05.zip
インストール後にスキンのどこかに

<%TreeMenu()%>

と書くだけ。
Windowsのエクスプローラそのものの見栄えです。
サンプル見せられなくて残念ですが、楽しいので一度やってみてください(^^ゞ(で、ここに置いてみましたとかコメントもらえると嬉しいです)

ただし、ツリーメニューは縦にも横にも広がるので、ページ内の配置にかなり苦労します。
(ただいま違うメニュー小物作成中)

あとは、ナビゲーションバーですが、今日リリースしたItemNaviEXのバージョン0.96がすでに対応済みです。
blog名 → カテゴリ名 → 第1階層サブカテゴリ→ 第2階層サブカテゴリ→ 第3階層サブカテゴリ...
といくらでも表示します。

どうでしょう？