えっと、まずお断り。
globalfunctions.phpを加工して、*********.htmlというURLを自動生成し、mod_rewriteしてページを表示する方式を、以後、勝手にMagicalURLモードと呼びます(^_^;

手順は[ここ]に書きました。

おさらいです。
blogidが1で、カテゴリIDが2の記事一覧をページングするときのURLは、以下のようになります。
1)ノーマルモード
　http://****.com/index.php?catid=2&blogid=1
2)FancyURLモード
　http://****.com/category/2/blogid/1
3)MagicalURLモード
　http://****.com/catid_2_blogid_1.html

で、FancyURLモードとMagicalURLモードは、.htaccessの記述によりNucleusにノーマルモードのURLを渡してやる仕組みです。

おさらいは、おしまい。

MagicalURLモードで、もしくは、ノーマルモード＋mod_rewrite技で複数blogを切替えるには、アクセスさせるphpファイルを複数用意する必要がありますので要注意。
メインのblog「myweblog」にアクセスするためのindex.php
サブのblog「misc」にアクセスするためのmisc.php
.htaccessでURL書き換えを渡すためのf.php
の3つをルートに設置します。

1)index.phpは、
selectBlog('myweblog');
の1行は書いても書かなくてもＯＫ。
これは、管理メニューで設定したデフォルトのblogを呼ぶためです。たいていの場合はインストールしたままの状態で、myweblogをデフォルトと設定しているためです。
もちろん、デフォルトを他のblogとしている場合は、上記のselectBlog文が必要です。

2)misc.phpは、
selectBlog('misc');
の1文を挿入します。

3)f.phpには、selectBlog文を入れてはいけません。

4).htaccessのRewriteRuleに記述するphpファイルの名前は、f.phpとします。

このように設定・設置することで、index.phpにアクセスしたときはmyweblogを展開、misc.phpにアクセスしたときはmiscを展開します。
要は、.htaccessのRewriteRuleにて置換するphpファイルの中身にselectBlog文を入れてはいけない、ということです。(index.phpにselectBlog文を入れないのであれば、f.phpは不要となり、.htaccessのRewriteRuleにて置換するphpファイルの名前をindex.phpとしても大丈夫です。)